Fasilitas yang ada di Pusat Studi SMONAGENES meliputi:
- Gedung pusat studi
- Ruang pertemuan
- Ruang peneliti dan staf
- Laboratorium penelitian beserta peralatan
- Laboratorium analisis beserta peralatan
- Laboratorium produksi beserta peralatan
- Bookshop atau publication corner
- Ruang ibadah
- Fasilitas internet
- Parkir